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三轮，小组赛参赛球队恢复为32支，均分成8组进行第一阶段小组赛，各小组前两名共16队进入第二阶段的小组赛，第三名进入欧洲联盟杯（欧洲足联欧洲联赛前身，下面简称：欧联）第三轮；第二阶段小组赛分为4组，各小组前两名共8支球队晋级淘汰赛。2003/04赛季起，取消第二阶段小组赛，第一阶段小组赛各小组两名共16队直接进行淘汰赛。2009/10赛美国足球网季起，外围赛由3轮资格赛和1轮附加赛组成。2012/13赛季起

1999/00赛季——皇家马德里、瓦伦西亚、巴塞罗那（同为西班牙球队，包揽决赛） 2002/03赛美国足球网季——AC米兰、尤文图斯、国际米兰（同为意大利球队，包揽决赛） 2006/07赛季——利物浦、切尔西、曼联（同为英格兰球队，冠军意大利AC米兰） 2007/08赛季——曼联、切尔西、利物浦（同为英格兰球队，包揽决赛） 2008/09赛季——曼联、切尔西、阿森纳（同为英格兰球队，冠军西班牙巴塞罗那） 历史上欧冠正赛阶段曾经出现过33次同协会球队德比（13次英格兰俱乐部之间，12次西班牙俱乐部之间，4次意大利俱乐部之间，3次德国俱乐部之间，1次法国俱乐部之间）

英超的一些顶级队伍已经能与欧洲顶级球队抗衡。曼联于1998/99和2007/08赛季两夺欧洲冠军联赛冠军；阿森纳1993/94赛季获得欧洲优胜者杯冠军；利物浦夺得2000/01赛季欧洲联盟杯（欧洲足联欧洲联赛前身）冠军，更是在2004/05赛季欧冠决赛惊天逆转勇夺冠军，2018/19美国足球网赛季利物浦第六次捧起欧冠奖杯；切尔西获得1998年欧洲超级杯冠军，2011/12赛季欧冠夺冠，成为第五支夺得欧冠冠军的英超球队。