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三轮，小组赛参赛球队恢复为32支，均分成8组进行第一阶段小组赛，各小组前两名共16队进入第二阶段的小组赛，第三名进入欧洲联盟杯（欧洲足联欧洲联赛前身，下面简称：欧联）第三轮；第二阶段小组赛分为4组，各小组前两名共8支球队晋级淘汰赛。2003/04赛季起，取消第二阶段小组赛，第一阶段小组赛各小组两名共16队直接进行淘汰赛。2009/10赛季起，外围赛由3轮资新二足球网格赛和1轮附加赛组成。2012/13赛季起

场两端底线外，负责关注该侧禁区内的情况，从而有效遏制禁区内假摔的发生，并提高点球判罚、进球判罚的准确性。2013/14赛季，英格兰足球总会将“门线技术”引入英超联赛帮助裁判判断皮球是否整体越过球门线；2014年，国际足联世界杯决赛圈赛场同样引进了“门线技术”。北京时间2016年3月4日，欧足联在瑞士尼翁召开了执委会会议，会上决定将在2016年欧冠和欧联决赛中引入“门线技术”。2018年9月27日，欧足联执委会决定从2019/20赛季起，由欧冠附加赛开始于比赛中使用视频助理裁判（VAR）帮助执法。2021年6月24日，新二足球网欧足联官方宣布，从2021/22赛季开始，取消现行欧战客场进球规则。 2022/23赛季起欧冠小组赛将会采用半自动越位技术；2023/24赛季从欧冠资格赛第一轮便启用VAR技术。

其中决赛出现过8次： 1999/00赛季决赛 —皇家马德里对瓦伦西亚（同为西班牙球队） 2002/03赛季决新二足球网赛 —AC米兰对尤文图斯（同为意大利球队） 2007/08赛季决赛 —曼联对切尔西（同为英格兰球队） 2012/13赛季决赛 —拜仁慕尼黑对多特蒙德（同为德国球队） 2013/14赛季决赛 —马德里竞技对皇家马德里（同为西班牙球队） 2015/16赛季决赛 —马德里竞技对皇家马德里（同为西班牙球队） 2018/19赛季决赛 —托特纳姆热刺对利物浦（同为英格兰球队） 2020/21赛季决赛—曼彻斯特城对切尔西（同为英格兰球队） 13、2005/06赛季的利物浦成为首支参加过全部三圈外围赛而晋级淘汰赛阶段的球队（由1999/00赛季开始）；切尔西以卫冕冠军的身份参加2012/13赛季的欧冠小组赛，可惜小组未能出线，成为欧冠改制以来首支未能晋级淘汰赛阶段的欧冠卫冕冠军。