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三轮，小组赛参赛球队恢复为32支，均分成8组进行第一阶段小组赛，各小组前两名共16队进入第二阶段的小组赛，第三名进入欧洲联盟世界杯足球网杯（欧洲足联欧洲联赛前身，下面简称：欧联）第三轮；第二阶段小组赛分为4组，各小组前两名共8支球队晋级淘汰赛。2003/04赛季起，取消第二阶段小组赛，第一阶段小组赛各小组两名共16队直接进行淘汰赛。2009/10赛季起，外围赛由3轮资格赛和1轮附加赛组成。2012/13赛季起

1999/00赛季——皇家马德里、瓦伦西亚、巴塞罗那（同为西班牙球队，包揽决赛） 2002/03赛季——AC米兰、尤文图斯、国际米兰（同为意大利球队，包揽决赛） 2006/07赛季——利物浦、切尔西、曼联（同为英格兰球队，冠军意大利AC米兰） 2007/08赛季——曼联、切尔西、利物浦（同为英格兰球队，包揽决赛） 2008/09赛季——曼联、切尔西、阿森纳（同为英格兰球队，冠军西班牙巴塞罗那） 历史上欧冠正赛阶段曾经出现过33次同协会球队德比（13次英格兰俱乐部之间，12次西班牙俱乐部之间，4次意大利俱乐部之间，3次德国俱世界杯足球网乐部之间，1次法国俱乐部之间）

南美解放者杯与欧足联的欧洲冠军联赛（前身：欧洲冠军俱乐部杯）规模差不多，当初只有各国联赛冠军才有资格参加。直到1970年代，南美解放者杯的规模开始扩大，连联赛亚军亦可以参与，1998年开始墨西世界杯足球网哥俱乐部亦被邀请参加南美解放者杯。南美解放者杯虽历经变革，但大体上沿用小组赛及淘汰赛两阶段，赛事由第三届开始在淘汰赛前设立小组赛，直至2008年才效仿欧足联再加设外围赛，但南美解放者杯不采用客场进球规则和加时赛制。2005年南美解放者杯作出改变，客场进球规则首次用于赛事，而曾夺得南美解放者杯的两支老牌劲旅智利的科洛科洛竞技俱乐部及乌拉圭的佩纳罗尔足球俱乐部成为新规则下的首批牺牲品，他们于外围赛阶段因客场进球少而惨遭淘汰。