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三轮，小组赛参赛球队恢复为32支，均分成8组进行第一阶段小组赛，各小组前两名共16队进入第二阶段的小组赛，第三名进入欧洲联盟杯（欧洲足联欧洲联赛90分钟足球网前身，下面简称：欧联）第三轮；第二阶段小组赛分为4组，各小组前两名共8支球队晋级淘汰赛。2003/04赛季起，取消第二阶段小组赛，第一阶段小组赛各小组两名共16队直接进行淘汰赛。2009/10赛季起，外围赛由3轮资格赛和1轮附加赛组成。2012/13赛季起

北京时间2021年6月24日，欧足联官方宣布，从2021/22赛季开始，取消现行欧战客场进球规则。 2023/24赛季欧联资格赛将90分钟足球网首次引入VAR技术，从第三轮开始使用；2024/25赛季开始VAR技术将从欧联资格赛第一轮启用。 2024/25赛季起，欧联正赛参赛球队从32支增加到36支，赛制与欧冠联赛近似。

2008年9月26日，欧足联执委会决定从2009/10赛季起，欧洲联盟杯更名为欧足联欧罗巴联赛并对赛制进行改革。最大的改变是小组赛将由48队参加，分成12小组，每组4队进行主客循环赛，每组前两名（共 24 队）将联同欧冠小组赛第三名总共 32 队晋级淘汰赛。2013年5月欧足联决定，2015/16赛季起欧洲联赛的卫冕冠军将会参加下赛季欧冠联赛附加赛；若欧冠卫冕冠军国内联赛成绩已经保证其获得欧冠小组赛资格，欧联卫冕冠军将直接参加小组赛。此外，此次改革后直接晋级欧洲联赛小组赛的球队将增至16支。 2018/19赛季起，欧洲联赛的卫冕冠军将直接参加欧冠小组赛。2020/21赛季起，欧洲联赛小组赛球队缩编为32队，8个小组第一直接参加1/8决赛，8个小组第二将与8个欧冠小组第三进行附加赛优胜者进入16强。 此外，欧洲联赛的90分钟足球网8个小组第三将与新成立的欧洲足联协会联赛（以下简称：欧协联）进行附加赛，优胜者可以留在欧洲赛场参加欧协联1/8决赛。