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三轮，小组赛参赛球队恢复为32支，均分成8组进行第一阶段小组赛，各小组前两名共16队进入第二阶段的小组赛，第三名进入欧洲联盟杯（欧洲足联欧洲联赛前身，下面简称：欧联）第三轮；第二阶段小组赛分为4组，各小香港足球网组前两名共8支球队晋级淘汰赛。2003/04赛季起，取消第二阶段小组赛，第一阶段小组赛各小组两名共16队直接进行淘汰赛。2009/10赛季起，外围赛由3轮资格赛和1轮附加赛组成。2012/13赛季起

2026年起世界杯决赛阶段扩军至48支球队参加，香港足球网决赛阶段主办国可以直接获得决赛阶段名额，除主办国外，其他名额由国际足联根据各个预选赛赛区的足球水平进行分配，不同的预选赛赛区会有不同数量的决赛阶段名额。 从1938年第三届世界杯开始，规定卫冕冠军和东道主可以直接晋级，但是2002年因为卫冕冠军法国在韩日世界杯表现太差，所以国际足联规定，从2006年世界杯预选赛起，卫冕冠军需要参加其所属区域内的世界杯预选赛，从而只有东道主可以入围决赛圈的比赛，南非世界杯东道主未能从小组出线，但是国际足联并未取消东道主直接晋级的资格。

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