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三轮，小组赛参赛球队恢复为32支，均分成8组进行第一阶段小组赛，各小组前两名共16队进入第二阶段的小组赛，第三名进入欧洲联盟杯（欧洲足联欧洲联赛前身，下面简称：欧联）第三轮；第二阶段马来西亚足球网小组赛分为4组，各小组前两名共8支球队晋级淘汰赛。2003/04赛季起，取消第二阶段小组赛，第一阶段小组赛各小组两名共16队直接进行淘汰赛。2009/10赛季起，外围赛由3轮资格赛和1轮附加赛组成。2012/13赛季起

2021年4月23日，欧足联宣布都柏林和毕尔巴鄂均因无法承诺观众入场被取消举办资马来西亚足球网格，塞维利亚接管4场比赛。

2004年特别打马来西亚足球网造一只全金版本的奖杯颁予阿森纳，以表扬其全季不败夺冠的功绩。