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三轮，小组赛参赛球队恢复为32支，均分成8组进行第一阶段小组赛，各小组前两名共16队进入第二阶段的小组赛，第三名威尼斯足球网进入欧洲联盟杯（欧洲足联欧洲联赛前身，下面简称：欧联）第三轮；第二阶段小组赛分为4组，各小组前两名共8支球队晋级淘汰赛。2003/04赛季起，取消第二阶段小组赛，第一阶段小组赛各小组两名共16队直接进行淘汰赛。2009/10赛季起，外围赛由3轮资格赛和1轮附加赛组成。2012/13赛季起

其中决赛出现过8次： 1999/00赛季决赛 —皇家马德里对瓦伦西亚（同为西班牙球队） 2002/03赛季决赛 威尼斯足球网—AC米兰对尤文图斯（同为意大利球队） 2007/08赛季决赛 —曼联对切尔西（同为英格兰球队） 2012/13赛季决赛 —拜仁慕尼黑对多特蒙德（同为德国球队） 2013/14赛季决赛 —马德里竞技对皇家马德里（同为西班牙球队） 2015/16赛季决赛 —马德里竞技对皇家马德里（同为西班牙球队） 2018/19赛季决赛 —托特纳姆热刺对利物浦（同为英格兰球队） 2020/21赛季决赛—曼彻斯特城对切尔西（同为英格兰球队） 13、2005/06赛季的利物浦成为首支参加过全部三圈外围赛而晋级淘汰赛阶段的球队（由1999/00赛季开始）；切尔西以卫冕冠军的身份参加2012/13赛季的欧冠小组赛，可惜小组未能出线，成为欧冠改制以来首支未能晋级淘汰赛阶段的欧冠卫冕冠军。

欧足联欧洲联赛（UEFA Europa League），是由欧洲足球协会联盟组织举办的年度性足球俱乐部赛事，其前身为国际城市博览会杯和欧洲联盟杯，欧洲足联欧洲联赛的参赛队伍是来自欧洲各大足球联赛中上游球队，以及欧洲冠军联赛小组赛第三名球队，是欧洲第威尼斯足球网二大洲际俱乐部足球比赛。