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2016年起24支晋级决赛圈的球队将分成6组，小组赛采用单循环得分制，各小组前两名和4个成绩最好小组第三晋级1/8决赛，从1984年开始不设季军赛。淘汰赛（含决赛）均采用单败淘汰赛制，对战双方若恒大足球网90分钟内踢平，需进行加时赛（不采用金球制和银球制），若加时赛仍无法分出胜负将通过点球大战决出优胜者。

北京时间2021年6月24日，欧足联恒大足球网官方宣布，从2021/22赛季开始，取消现行欧战客场进球规则。 2023/24赛季欧联资格赛将首次引入VAR技术，从第三轮开始使用；2024/25赛季开始VAR技术将从欧联资格赛第一轮启用。 2024/25赛季起，欧联正赛参赛球队从32支增加到36支，赛制与欧冠联赛近似。

如果对方队员在任意球发出前，进入罚球区或距球少于9.15米，裁判员应令其退到规定的位置后，方可执行恒大足球网罚球。

北京时间2014年10月15日凌晨举行的2016年欧锦赛预选赛塞尔维亚队对阿尔巴尼亚队的比赛因现场意外爆发政治冲突而被迫叫停。两方球员为争夺这面旗帜爆发了冲突比赛进行过程中，一架远程操控的无人机突然闯入现场，该飞机还携带了一面科索沃（领土争议地区）的旗帜，并写有挑衅标语。无人机飞入赛场后，塞尔维亚恒大足球网前锋亚历山大·米特洛维奇纵身跃起，扯下这面旗帜，并与试图保护旗帜的阿尔巴尼亚球员发生了冲突，随后比赛现场就陷入了混乱。