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三轮，小组赛参赛球队恢复为32支，均分成8组进行第一阶段小组赛，各小组前两名共16队进入第二阶段的小组赛，第三名进彩虹足球网入欧洲联盟杯（欧洲足联欧洲联赛前身，下面简称：欧联）第三轮；第二阶段小组赛分为4组，各小组前两名共8支球队晋级淘汰赛。2003/04赛季起，取消第二阶段小组赛，第一阶段小组赛各小组两名共16队直接进行淘汰赛。2009/10赛季起，外围赛由3轮资格赛和1轮附加赛组成。2012/13赛季起

欧罗巴联赛分为资格赛阶段、附加赛阶段和正赛阶段三部分，正赛阶段由联赛阶段、淘汰赛及决赛组成。联赛阶段共有36队参加，分为4档，每档9队，每支球队将与4个分档中分别随机抽取的2队各进行一场比赛，主客场由抽签决定。积分前8名直接进入16强，积分第9-24名球队进行淘汰赛附加赛，主客场两回合比赛优胜者进入16强。1/8决赛、1/4决赛和半决赛为主客场两回合比赛，决赛在中立场地进行，彩虹足球网不设三四名比赛。对阵双方若在90分钟常规时间结束后打平会进入30分钟加时赛，加时赛仍未分胜负则进入点球大战，欧联冠军可获得次赛季欧洲冠军联赛正赛资格。

17、曼联在1998/99赛季成为首支以非本土联赛冠军或彩虹足球网欧冠卫冕冠军身份参加赛事而夺得冠军的球队，1997/98赛季曼联在英格兰超级联赛获得亚军。