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1994年美国世界杯起，为了鼓励各队采取进攻战术，世界360足球网杯将赢球两分制改为赢球三分制。 1998年法国世界杯，决赛阶段的参赛球队再次增加，32强被分在8个小组中，每组4支球队进行单循环比赛，小组前两名晋级，其后16强通过淘汰赛直至决出冠军，这种赛制也一直延用至2022年卡塔尔世界杯。

北京时间2014年10月15日凌晨举行的2016年欧锦赛预选赛塞尔维亚队对阿尔巴尼亚队的比赛因现场意外爆发政治冲突而被迫叫停。两方球员为争夺这面旗帜爆发了冲突比赛进行过程中，一架远程操控的无人机突然闯入现场，该飞机还携带了一面科索沃（领土争议地区）的旗帜，并写有挑衅标语。无人机飞入赛场后，塞尔维亚前锋亚历山大·米特洛维奇纵身跃起，扯下这面旗帜，并与试图保护旗帜的阿尔巴尼360足球网亚球员发生了冲突，随后比赛现场就陷入了混乱。

17、曼联在1998/99赛季成为首支以非本土联赛冠军或360足球网欧冠卫冕冠军身份参加赛事而夺得冠军的球队，1997/98赛季曼联在英格兰超级联赛获得亚军。

联赛阶段欧冠冠军和“欧战积分”排名前8的俱乐部为第一档球队（即种子队），其余27支队伍根据“欧战积分”分为二三四档。每支球队将360足球网与4个分档中分别随机抽取的2队共8支球队各进行一场比赛，主客场由抽签决定需保证每支球队有4个主场和4个客场，同协会球队不会相遇，每支球队最多只能与来自同一协会的两支球队相遇。淘汰赛每轮比赛均为主客场两回合，如遇不可抗力会安排在中立场地进行比赛；决赛在中立场地进行。淘汰赛附加赛抽签规则：联赛阶段积分9-16的球队为种子队，积分17-24的球队为非种子队，种子队与非种子队进行主客场两回合比赛，非种子队先主后客，优胜者进入16强。1/8决赛抽签规则：联赛阶段积分1-8的球队为种子队，淘汰赛附加赛优胜的8队为非种子队，种子与非种子队进行主客场两回合比赛，非种子队先主后客，优胜者进入8强。